SNP檢測

簡介

SNP（single nucleotide polymorphism），即單核苷酸多態性，是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態。一般來說，一個SNP位點只有兩種等位基因，因此又叫雙等位基因。有些SNP位點還會影響基因的功能，導致生物性狀改變甚至致病。單核苷酸多態性是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據，因此被廣泛用于群體遺傳學研究（如生物的起源、進化及遷移等方面）和疾病相關基因的研究，在藥物基因組學、診斷學和生物醫學研究中起重要作用。與其它分子標記相比，SNP分辨率最高也最為豐富，覆蓋基因組范圍大，遺傳上比較穩定，在人類基因組中，估計平均每1000個堿基對就有1個SNP，估計其總數可達300萬個甚至更多，是繼微衛星之后的第三代遺傳標記。SNP的分布不均勻，非轉錄序列中要多于轉錄序列，絕大多數位于蛋白的非編碼區。通常情況下是一種二等位基因的變異，多為轉換，即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基，或一種嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基，轉換與顛換之比為2：1。SNP在CG序列上出現最為頻繁，而且多是C→T，因為CG中C即胞嘧啶常為甲基化的，自發脫氨后即變為胸腺嘧啶

目前我公司可提供三種SNP基因分型服務。

（一）Sanger測序法

公司擁有成熟的基于DNA 測序的SNP 分析，測序信號強，峰圖清晰，能準確分辨各種雜合的SNP類型。對有復雜結構的模板的測序成功率遠高于其它測序公司。配合高通量樣品處理系統和優秀的PCR設計方案，將為您提供對基因組任何位置和序列分型服務。各種類型的SNP 位點變化如堿基替換、缺失、插入以及純合、雜合等不同類型的基因型變化在測序圖上都可以直接看到，純合型SNP 位點的測序峰為單一峰型，而雜合型SNP 位點的測序峰為套峰，檢測結果直觀準確。

1. 技術流程

2. 結果展示

Allele（C/C）

3. 可提供的服務

(1)基因組DNA提取

(2)引物的設計與合成

(3)PCR擴增（包括PCR產物純化等）

(4)一代測序

(5)SNPs位點讀取

4. 送樣要求

組織：500mg以上，需低溫運輸

血液（抗凝血）：>1ml，需低溫運輸

唾液：>1ml（加保護液），需低溫運輸

口腔拭子：每樣送2只口腔拭子，需常溫運輸

細胞：大于106，收集細胞沉淀，需干冰運輸

石蠟切片：10*10*8um的切片不少于10片，需常溫運輸

基因組DNA：濃度20-30ng/ul以上，OD260/280在1.7-2.1左右，電泳有基因組主帶，需冰袋運輸

SNP送檢信息表格下載

5. 公司可提供的結果

(1)  測序圖譜

(2)  SNP 分型統計結果

(3)  實驗流程（包括擴增和反應體系、設計的引物序列等詳細信息）

（二）SNaPshot 分型法

該技術也是由美國ABI 開發，主要針對中等通量的SNP 分型項目。在一個含有測序酶，四種熒光標記的ddNTP，緊挨多態位點5’端的不同長度延伸引物和PCR 產物模板的反應體系中，引物延伸一個堿基即終止，經ABI 測序儀跑膠后，根據峰的顏色可知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型，根據峰移動的膠位置確定與該延伸產物對應的SNP 位點。對于PCR 產物模板可通過多重PCR 反應體系獲得。利用SNaPshot 檢測技術結合高通量樣品處理平臺，每天的檢測通量能夠滿足中大規?；蚍中晚椖康男枰?。

SNaPshot 方法特點：

﹡分型準確 直接得到位點的堿基組成，檢測結果直觀其準確度僅次于直接測序。

﹡多位點同時檢測 采用多重單堿基檢測技術，每次反應可以檢測多達10 個SNP 位點，而RFLP及TaqMan 一次僅能檢測一個。

﹡不受SNP 位點多態特性限制 不管該位點是雜合，還是插入或缺失多態，都可以放在一個體系中檢測。

﹡可以檢測發現受污染的樣本 如果一個樣本的分型峰譜偏離正常的分布，它可以提示樣本可能受到污染或濃度過低。

1. 技術流程

2. 結果展示

峰位置代表檢測的SNP位點；峰顏色代表SNP位點的基因型

3. 可提供的服務

(1)基因組DNA提取

(2)引物的設計與合成

(3)SNPs位點檢測與分析

4. 送樣要求

組織：500mg以上，需低溫運輸

血液（抗凝血）：>1ml，需低溫運輸

唾液：>1ml（加保護液），需低溫運輸

口腔拭子：每樣送2只口腔拭子，需常溫運輸

細胞：大于10⁶，收集細胞沉淀，需干冰運輸

石蠟切片：10*10*8um的切片不少于10片，需常溫運輸

基因組DNA：濃度20-30ng/ul以上，OD260/280在1.7-2.1左右，電泳有基因組主帶，需冰袋運輸

SNP送檢信息表格下載

5. 公司提供的結果

(1)SNPs 統計結果（Execl 表格）

(2)實驗報告（包括擴增和反應體系、設計的引物序列等詳細信息）

（三）KASP分型法

KompetitiveAllele-Specific PCR，基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels(InsertionsandDeletions，插入和缺失)。優點：只要合成兩個通用熒光探針，再加合成多個針對具體位點的SNP PCR引物，就可以測多個位點；適合大通量snp分型項目

1. 技術流程

2. 結果展示

熒光顏色代表SNP位點的基因型

3. 可提供的服務

(1)基因組DNA提取

(2)引物的開發與合成

(3)SNPs位點檢測與分析

4. 送樣要求

組織：500mg以上，需低溫運輸

血液（抗凝血）：>1ml，需低溫運輸

唾液：>1ml（加保護液），需低溫運輸

口腔拭子：每樣送2只口腔拭子，需常溫運輸

細胞：大于10⁶，收集細胞沉淀，需干冰運輸

石蠟切片：10*10*8um的切片不少于10片，需常溫運輸

基因組DNA：濃度20-30ng/ul以上，OD260/280在1.7-2.1左右，電泳有基因組主帶，需冰袋運輸

SNP送檢信息表格下載

5. 公司提供的結果

(1)SNPs 統計結果（Execl 表格）

(2)實驗報告（包括擴增和反應體系、設計的引物序列等詳細信息）

(3)KASP分型圖

SNaPshot 分型法電子訂單下載 KASP分型法電子訂單下載 Sanger測序法電子訂單下載

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